Ở đất nước láng giềng Cao Miên, một cuộc binh biến của phe ủng hộ Nguyễn Ánh đã nổ ra và đã lật đổ phe ủng hộ Xiêm La của vua Ang Non. Năm 1780, quân Nguyễn Ánh đã can thiệp và Pigneau đã giúp họ giành được vũ khí từ người Bồ Đào Nha. Bá Đa Lộc thậm chí còn bị người Bồ Đào Nha cáo buộc đã chế tạo vũ khí cho quân Nguyễn Ánh, đặc biệt là lựu đạn, một loại vũ khí mới đối với khu vực Đông Nam Á.[4] Pigneau de Behaine cũng tổ dàn xếp việc cung cấp 3 chiếc tàu chiến Bồ Đào Nha cho Nguyễn Ánh.[5] Trong các cuộc trợ giúp vũ khí này, Pigneau đã được một người Pháp tên là Manuel hỗ trợ.[5] Các nhân chứng thời đó đã mô tả rõ vai trò quân sự của Pigneau:

Linh mục Pierre Joseph Georges, một người quốc tịch Pháp, đã được lựa chọn để xử lý các vấn đề chiến tranh nhất định.

— J. da Fonceca e Sylva, 1781.[6]